私の部下の課長が、さらにその部下の新入社員の女性に対して、セクハラをしたとのことです。会社とは関係なく一個人である課長が行ったセクハラですから、会社が責任を負うということはないと考えて良いのでしょうか？

場合によっては、会社が使用者責任（民法７１５条）や債務不履行責任（民法４１５条）を負うこともあります。 すなわち、会社と無関係に、課長が行っていた場合であっても、その行為が事業の執行について行われた場合には、会社が不法行為責任を負うことがあります。また、会社は従業員に対して、働きやすい環境を保つように配慮する義務がありますので、こうした義務を会社が怠ったといえる場合には、債務不履行責任を負うことがあります。 　 したがって、会社の側としては、当事者間に任せるなどという態度ではなく、セクハラを発見したら、実行者の処分や配置換えなどの再発防止策をとることを検討すべきです。