私は、先日会社を無断欠勤してしまいました。そこで、会社に対して、事後的に年休日に振り替えてもらいたい旨頼んだのですが、会社が同意してくれません。会社のこのような対応は許されるのでしょうか。

実際は、このような場合、会社が事後的に年休日の振替に応じてくれるところもあるようです。もっとも、欠勤日の年休日への事後的な振替については、会社側が同意する限りは、法律によって排斥されていないというにとどまると考えられています。
ですので、会社が無断欠勤日の事後的な振替を許さないという対応をしたとしても、直ちに問題とはならないと思われます。